La sentencia informada el 7 de mayo de 2015 y de más de 200 páginas establece que los ex miembros de la DINA Manuel Contreras Sepúlveda, Pedro Espinoza Bravo, Marcelo Moren Brito, Miguel Krassnoff Martchenko, Basclay Zapata Reyes y Fernando Gómez Segovia, deberán cumplir diez años de prisión efectiva por sus responsabilidades en el ilícito, mientras una pena similar fue dictada en contra del miembro de la Colonia Dignidad Gerard Mücke Koschitze.
En el plano civil, el juez dictaminó que "se declara la obligación del Estado de Chile de construir el sitio de memoria Museo de Memoria Colonia Dignidad, para homenajear y reparar a la víctima Álvaro Modesto Vallejos Villagrán y a las personas que fueron privadas de libertad al igual que él y se tuvieron de ellas las últimas noticias en ese lugar antes de desparecer". El magistrado ordena que el memorial sea construido en un lugar específico, señalice los espacios usados para le represión (torturas, encierro de prisioneros, etc.), así como las fosas que fueron usadas para inhumar y exhumar cuerpos de las víctimas y que han sido localizadas en las investigaciones policiales y judiciales. Del mismo modo, el ministro indica que el Estado deberá entregar los recursos necesarios para mantener y administrar el sitio de memoria.
En el mismo fallo, el juez condena al Estado a pagar una indemnización de $300 millones a la esposa de Vallejos Villagrán y a una hermana de la víctima.
"Matías", como era conocido en el MIR, era padre de un niño, estudiante de medicina y dirigente de su organización al momento de su secuestro, ocurrido el 20 de mayo de 1974 mientras estaba en la casa de sus padres en la comuna de Maipú. Numerosas personas testificaron en el proceso haber visto a Álvaro Vallejos en Londres 38 y en otros centros de detención en malas condiciones físicas como resultado de las torturas a las que era sometido para obtener información sobre la resistencia clandestina a la dictadura.
El ex agente de la DINA Samuel Fuenzalida Devia declaró que personalmente participó en el traslado de Álvaro Vallejos a la Colonia Dignidad, que mantenía un centro de operaciones de la DINA y un contacto fluido con el entonces oficial de enlace Fernando Gómez Segovia, también condenado en el fallo del juez Zepeda. En las fichas de la Colonia Dignidad -publicadas el año pasado por Londres 38, espacio de memorias- aparece abundante información sobre Vallejos Villagrán, así como pruebas irrefutables de que en ese lugar fue sometido a interrogatorios.
El nombre de Álvaro Vallejos Villagrán apareció en febrero de 1975 en una lista entregada por cuatro militantes que fueron obligados a dar una conferencia de prensa sobre la "destrucción" del MIR, quienes entregaron una lista de dirigentes supuestamente detenidos, exiliados o en la clandestinidad. "Matías" figuraba como "exiliado". El montaje era parte de un plan mayor que más tarde se conoció como "Operación Colombo", destinada a ocultar los asesinatos de 119 personas por acción de la DINA.
Ver condena a represores por desaparición de Álvaro Vallejos